Софт предназначен для количественного и качественного анализа хромато-масс-спектрометрических данных в задачах поиска белковых маркеров заболеваний и клинической диагностики. ППМ устанавливается на сервере организации для использования лицензированным количеством пользователей. Персональная учётная запись пользователя содержит датированный журнал запусков и результатов. Серверная архитектура, реализованная в поисковой машине, даёт возможность обработки коллекций масс-спектров в пакетном режиме
Peptide-spectra match (PSM)
Исходные данные:
ВЭЖХ-МС/МС спектры в форматах MGF и mzML
Референтные и кастомизированные базы данных белков в формате FASTA
Одновременная обработка нескольких файлов ВЭЖХ-МС/МС данных протеомного анализа
Уникальный алгоритм автоматической оптимизации входных параметров
Автоматическое построение “декойных” баз белковых последовательностей
Преимущества:
Фильтр идентификаций по FDR на заданном уровне (тандемные масс-спектры, пептиды и белки)
Повышение чувствительности поиска за счет сопоставления комплементарных данных, получаемых в рамках одного протеомного анализа
Визуализация результатов поиска на спектральном и пептидном уровнях
Поиск пептидов с локализацией посттрансляционных модификаций
Разработанная несколько лет назад совместно с биоинформатической группой ИНЭПХФ РАН им. В.Л. Тальрозе версия ППМ продемонстрировала эффективность идентификации белков, превосходящую существующие поисковые машины. Преимущества, достигнутые за счет следующих новшеств:
| Введена ренорамализация гиперскоринговой оценки достоверности на основе алгоритма подсчета спектральных идентификаций |
| Обеспечена валидация спектральных идентификаций и количественного анализа анализируемых белковых смесей за счет повышения точности сопоставления с экспериментальными данными |
| Добавлен функционал для протеогеномного анализа белковых образцов без использования персонализированных геномных баз данных методом эмуляции точечных мутаций |
Разработан уникальный интерфейс расширенного метода «пептидных отпечатков» (Peptide Mass Fingerprint – PFM) для протеомного анализа хромато-масс-спектрометрических данных без использования тандемной масс-спектрометрии
Проекты
